Secuenciación genómica del COVID-19: la respuesta a muchas preguntas del virus

El rastreo ha permitido identificar la información genética de las variantes, mutaciones, cambios y comportamientos del virus COVID-19. Es algo esencial para saber a qué nos seguimos enfrentando en el corto, mediano y largo plazo. Es no solo conocer si va a seguir siendo más o menos transmisible, más o menos agresivo desde la parte clínica, también para saber qué pasará con medidas de salud pública como las vacunas.

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Es un proceso complejo, sofisticado. No es la prueba de PCR que solo nos dice si tenemos o no el virus. Si queremos saber si es delta, ómicron o una nueva variante hay que hacer la secuenciación genómica.

Tras una prueba PCR para saber si tiene o no el virus, si el resultado es positivo, esa muestra puede ser seleccionada para realizarle el proceso de secuenciación genómica.

“Esa muestra se lleva a el laboratorio y a un sitio cerrado que se llama de contención, y en ese momento entonces se hace la inactivación. Es decir, los mocos se toman, literalmente, se les pone una sustancia química que destruye el virus, pero deja el RNA disponible. Ya esa muestra se puede circular literalmente en mesones normales abiertos porque no hay virus, hay RNA”, explica Jaime Castellanos, director del laboratorio de virología de la Universidad del Bosque.

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Después este material DNA se convierte en RNA.

“Esta preparación de la muestra dura aproximadamente dos días. Una vez la tenemos preparada, la podemos utilizar en los equipos que van a realizar esa secuenciación. La secuenciación de DNA básicamente consiste en conocer las letras o los caracteres completos del genoma de cada uno de esos virus que fueron detectados en la persona”, indica Lorena Díaz, bacterióloga e investigadora de la Universidad del Bosque.

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Pero no se analiza solo una muestra, se pueden procesar en simultáneamente 60 a 100 muestras, este paso dura otros dos a tres días. Posteriormente se realizan procesos computacionales, lo cual da origen a una gran cantidad de datos, con las secuencias genéticas completas de cada muestra.

¿Y cómo saben que es ómicron, miu, delta u otra variante?
“Vamos analizando letra por letra, comparándolos con los virus que ya están en bases de datos y se puede determinar cuáles son las mutaciones y cuáles son los cambios. Una vez determinamos los cambios, este conjunto de cambios van a tener una asignación a las variantes que conocemos”, agrega la investigadora Díaz.

Esa información es validada por el Instituto Nacional de Salud y posteriormente se sube a una gran biblioteca virtual que permite hacer vigilancia genómica, no solo nacional sino a nivel global.

En este complejo proceso, que puede tardar en total una semana y media, participan diferentes profesionales como microbiólogos, bacteriólogos e incluso bioinformáticos y matemáticos. Solo en el laboratorio de la Universidad El Bosque son aproximadamente 15 personas las que permiten saber qué es lo que está pasando en el país.

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“En el caso de Colombia, es una situación muy interesante: entra delta, que reemplazó completamente a miu, y ahora, en cuestión de un par de meses, ómicron reemplazó completamente a delta. Entonces, hoy en día el 95 - 98% de todas las cepas de variantes secuencia del país son ómicron”, reflexiona Jaime Castellanos.

¿Qué podríamos esperar de nuevas o futuras variantes?
“Lo que debe suceder, como ha sucedido con otros -sucedió con dengue, sucedió con influenza, sucedió con el virus sincitial respiratorio-, es que cuando llega al humano causa un gran número de enfermos fallecidos, pero también va perdiendo virulencia; es decir, produce cada vez enfermedad más leve, enfermedad menos grave, pero también se vuelve más exitoso transmitiendo”, señala Castellanos.

Esta secuenciación genómica, además de permitir conocer en detalle el comportamiento y cambios de virus, facilita la adaptación y diseño de vacunas.

Una de las cosas positivas que dejó la pandemia fue la red de laboratorios en esta tarea, hoy son alrededor de 20 en el país que hacen vigilancia genómica: un trabajo arduo y silencioso.