El submarino, que había desaparecido el miércoles pasado frente a las costas de Bali, fue encontrado seccionado en tres partes en el lecho marino, según el jefe del estado mayor de la Armada, Yudo Margono.
Por su parte, el comandante de las Fuerzas Armadas indonesias, Hadi Tjahjanto, confirmó ante periodistas que "los 53 miembros de la tripulación murieron".
Las autoridades dijeron que recibieron señales desde el lugar a más de 800 metros (2.600 pies) de profundidad a primera hora de la mañana del domingo.
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Agregó que utilizaron un vehículo de rescate submarino suministrado por Singapur para obtener una confirmación visual.
Tjahjanto dijo que más partes de la embarcación fueron descubiertas el domingo, incluyendo un ancla y trajes de seguridad usados por los miembros de la tripulación.
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Aviones, barcos y cientos de militares habían sido movilizados para localizar el KRI Nanggala 402, un sumergible de unos cuarenta años de construcción alemana, desaparecido durante unos ejercicios.
Las esperanzas de supervivencia de la tripulación ya eran consideradas mínimas, ya que las reservas de oxígeno del submarino se habrían agotado.
El sábado, tras hallar en el mar restos del navío, algunos procedentes del interior del sumergible, la Marina admitió que este sufrió daños irreparables al naufragar.
Entre los objetos hallados se recuperó la pieza de un sistema de torpedos y una botella de grasa para lubricar periscopios.
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También se encontró una alfombra utilizada para rezar, habitual en Indonesia, el país que alberga mayor número de musulmanes en el mundo.
Los "mejores patriotas"
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El presidente Joko Widodo había descrito a los marinos desaparecidos como los "mejores patriotas".
"Todos los indonesios expresan su profunda tristeza por este accidente, especialmente a los familiares de la tripulación del submarino", agregó.
Las autoridades no han dado aún una explicación oficial del accidente, pero sostienen que el submarino pudo haber sufrido un masivo fallo eléctrico que impidió a la tripulación volver a la superficie.
Yudo Margono, jefe de la Marina indonesia, había descartado, no obstante, una posible explosión, al estimar más probable que el submarino se descompusiera por la presión del agua a profundidades superiores a 800 metros, por encima de su límite de resistencia.
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"Los cascos de los submarinos están presurizados (...) pero cuando se rompen el agua invade el interior" explicó Wisnu Wardhana, un experto marítimo en el Instituto de Tecnología del Sepuluh Nopember de Indonesia.
El vicealmirante francés retirado Jean-Louis Vichot explicó que el casco de acero del submarino podría haberse quebrado "como un acordeón" al alcanzar profundidades superiores a su límite.
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Contacto perdido
El submarino, uno de los cinco que tenían las Fuerzas Armadas de Indonesia, se sumergió temprano el miércoles durante los ejercicios militares previstos en el norte de la isla de Bali. El contacto se perdió poco después.
Según la Marina, el submarino, entregado a Indonesia en 1981, estaba en buenas condiciones para el servicio. Pero este tipo de submarino está diseñado para soportar una presión de solamente hasta 300 o 400 metros de profundidad
Según los expertos, un derrame de petróleo detectado en la zona en la que se hundió hacía temer una posible ruptura del depósito, o incluso una fractura del submarino
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Hasta ahora, Indonesia no había tenido incidentes graves relacionados con submarinos, pero otros países sí que fueron escenario de tragedias de este tipo.
Una de las más conocidas ocurrió en 2000, cuando el submarino nuclear ruso Kursk se hundió cuando hacía maniobras en el mar de Barents con 118 tripulantes a bordo.
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Uno de los torpedos explotó y provocó la destrucción de todo el depósito de municiones. Los 23 marinos sobrevivieron a la deflagración, pero murieron ya que no fueron socorridos a tiempo.
En 2017, el submarino de la flota argentina San Juan, con 44 tripulantes, desapareció a unos 400 km de la costa argentina.
Una explosión submarina fue registrada cerca de su última posición.