Todo comenzó el 30 de abril de 1947, bajo el nombre de Club Atlético Municipal de Medellín, un año antes del inicio del Fútbol Profesional Colombiano regido por Dimayor .
Desde ese entonces, comenzó una larga historia de más amor que odio en el equipo 'verdolaga', que hoy suma un total de 29 títulos que lo deja como el más ganador del balompié local.
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En sus inicios, se caracterizó por solamente jugar con futbolistas colombianos y de ahí salió el apodo de los 'puros criollos', aunque los títulos no llegaron sino hasta 1954, con Fernando Paternoster en la dirección técnica y comandado dentro del terreno de juego por Humberto 'Turrón' Álvarez, Ignacio Calle y Hernán Escobar Echeverry.
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Y luego de una década de los 60's con altibajos en el rendimiento futbolístico y sumido en varias crisis económicas, llegaron los 70's con la vuelta a los títulos y las hazañas: en 1973 logró su segunda estrella y estuvo presente en la Copa Libertadores.
Para 1976, llegó Osvaldo Juan Zubeldía, quien le dio la tercera y cuarta estrella -esta en 1981- y se vivieron grandes épocas de la mano del fallecido entrenador.
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Pero en 1987, los 'verdolagas' volvieron a renacer a los 'puros criollos' y con un equipo que estuvo bajo la dirección técnica de Francisco Maturana llegó la época más gloriosa del club hasta ese momento.
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Tras varias actuaciones aceptables en la Liga colombiana, el cuadro antioqueño se quedó con la Copa Libertadores 1989, tras vencer en la final a Olimpia, de Paraguay, con un René Higuita imparable, junto al resto de sus compañeros. Posteriormente, disputó la Copa Intercontinental contra Milan, la cual perdió en las postrimerías del compromiso.
En los 90's, se quedó con los títulos locales de 1991, 1994 y 1995 para entrar en un letargo que duró hasta el primer semestre de 2005. El equipo del 2007 marcó un hito en el club, ya que ganaron el primer bicampeonato para el verde.
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En 2011-I intentó despertar el 'gigante dormido', pero no fue hasta 2013-I que realmente volvió a ser ese equipo imparable en Colombia, ya que ganó tres torneos de manera consecutiva, dejando claro que no tenían rival alguno en aquellos años.
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2014-I, 2015-II y 2017-I cerrarían un ciclo exitoso en el fútbol colombiano, pero el 'broche de oro' fue la segunda Copa Libertadores obtenida en 2016 y tras vencer en la final al ecuatoriano Independiente del Valle, bajo el mando de Reinaldo Rueda .
Cuatro Copas Colombia, dos Superligas de Colombia, una Recopa Sudamericana, dos Merconorte y dos Interamericanas completan el palmarés de un equipo que ha sabido ganar todo lo que se propuesto.